دکتر خاکی سپس به ایران بازگشت و در کشورمان به انتشار
نمایشنامه و مقاله و همچنین اجرای تئاتر پرداخت. ازجمله آثاری که از این هنرمند
منتشر شده است، می‌توان به تحلیلی بر نمایشنامه «سرایدار» اثر هارولد پنیتر، «سیر تحولات
در متون تعزیه»، «بداهه‌سازی در تئاتر»، «‏مجلس شبیه شهادت حضرت قاسم(ع)»، «تغییر و
تحولات مکان‌های تئاتری در قرن بیستم»، «کمک و یارانه‌های شهرداری پاریس به تئاتر»،
«یاسمینا رضا به روایت لوک بوندی» و… در نشریات مختلف، انتشار نمایشنامه‌هایی
همچون «پرتره» و «شهادت پیوتر اوهه» اثر اسلاومیر مروژک، «جنگ شعاع»(تعزیه‌نامه‌های
کتابخانه ملک)، «کسب و کار آقای فابریزی» اثر آلبرهوسون، «بدن شاعرانه» اثر ژاک لو
کوک، «اُبلوموف» اثر مارسل کوولیه، «مفیستو برای همیشه» اثر تُم لانوی و… اشاره
کرد.

البته همان‌طور که مشخص است، محمدرضا خاکی تئاترهای بسیار
خوبی را در مقام کارگردان روی صحنه آورده است که می‌توان به نمایش‌های «پرتره» اثر
اسلاومیر مروژک، «مرغ دریایی» اثر آنتون چخوف، نویسندگی و کارگردانی «موسی و شبان»
در فستیوال‌های بین‌المللی تئاتر سورواوله، ویلفیلد کانادا، مرکوسور، کوردوبا، آرژانتین،
تئاتر کلن آلمان و… اشاره کرد.

آخرین نمایشی که محمدرضا خاکی روی صحنه برد، خردادماه سال
گذشته بود که بازتولید نمایش «روال عادی» نوشته ژان کلود کری‌یر را با حضور کوروش سلیمانی و مسعود دلخواه در سالن استاد
سمندریان تماشاخانه ایران‌شهر روی صحنه برد، هرچند پیش از این و در سال۱۳۹۳ دکتر
خاکی «دیده‌بان» نوشته پیر روبر لوکلرک را با گروهی جوان روی صحنه برده بود.

البته فعالیت‌های دکتر خاکی به مدیوم تئاتر منحصر نمی‌شود
در کارنامه کاری او مجموعه پنج‌قسمتی تئاتر تلویزیونی «کسب و کار آقای فابریزی» که
سال۱۳۷۶ از شبکه دوم سیما پخش شد و چند تله‌تئاتر دیگر هم دیده می‌شود.